支持者认为，当前学术不端行为非常严重，学术界内部的自我控制机制不再有效。反对者认为，处理学术不端行为涉及到专业问题，外行很难了解。因此，最好“学术的事做学术，专业的事做专家”。
事实上，类似的争议早在19世纪就出现了，进入20世纪甚至更多。第二次世界大战后，国家规划科学成为当代科学技术发展的重要趋势，传统的科学自由观念面临着崭新的社会形势。国家对科学技术的支持是当代科学技术迅速发展的最重要的动力。
显然,政府支持也意味着国家干预:是否有效地组织大规模的科学活动,或系统协调科学与社会之间的关系,甚至防止科技风险和处理科学研究变态行为,国家干预的合理性和必要性在科学和技术发展,越来越被社会广泛接受。
在实际的科研活动中，学术自由与社会干涉总是平衡在某一“点”上，同时对学术界产生内外部的影响。
换句话说，学术界的内部控制与外部控制最好是相互协调、相互支持，共同促进中国科学技术的高效健康发展。因此，当前科研诚信建设工作在强调适当的外部干预的同时，也不应忽视学术界的自律、自检和自主性。
